通关一周目并集齐60种宝可梦图鉴后，前往真新镇与大木博士对话升级图鉴，获得船票即可开启七岛剧情。从枯叶市码头乘船抵达一岛，在精灵中心与研究员对话得知需要寻找红蓝宝石。前往灯火山击败火箭队成员获取红宝石，随后前往四岛湖泊洞穴底层取得登瀑术，协助冰天王击败火箭队后触发乘龙被盗事件。
五岛的水之迷路区域需按特定路线探索：右→下→右→上→下→右→左→下→右→上可找到关键NPC。仓库门前需输入密码，需前往六岛标志森林左侧的变化洞窟取得蓝宝石，但会被火箭队抢走并获取另一段密码。返回五岛仓库输入完整密码击败火箭队夺回蓝宝石，最终在一岛研究所完成跨地区通讯解锁。
六岛任务需通过绿色小径进入遗迹山谷，使用一字斩开启洞穴迷宫。内部路线遵循上→左→右→下的顺序取得道具，同时需在七岛推石解谜激活未知图腾捕捉点。七岛训练塔是提升队伍等级的重要场所，建议携带克制格斗系的飞行或超能力属性宝可梦应对高难度训练师。
最终返回水蓝市可捕获超梦，需提前准备大师球或高等级催眠/麻痹战术。七岛整体探索需频繁使用冲浪、怪力、登瀑等秘传技能，建议队伍保留至少两个技能机位。各岛屿隐藏道具包括精神草、奇异甜食等强化物品，需仔细搜索岩堆与草丛。
七岛剧情结束后可重复挑战训练塔与遗迹山谷，部分洞穴会随机刷新珍稀宝可梦如赫拉克罗斯。注意变化洞窟的宝可梦种类与刷卡器状态相关，未解锁设备时仅出现超音蝠。红蓝宝石任务线直接影响通讯进化功能，建议优先完成。
