口袋妖怪火红三岛任务需要玩家完成一系列岛屿探索与剧情挑战。任务起点在击败四大天王后，通过枯叶市码头乘船前往1号岛，与岛民对话触发红宝石任务。前往5号岛回忆之塔获取蓝宝石线索，随后需穿越遗迹山谷的绿色小径，进入森林尽头的洞穴使用一字斩开门。洞穴内部为多层迷宫结构，需按特定路线行进：右→下→右→上→下→下→右→左→下→右→上，最终在深处取得蓝宝石。该道具会被火箭队成员抢夺，需击败对方夺回并获取密码片段。
任务第二阶段需返回5号岛输入密码开启火箭队仓库。仓库内需连续击败多名火箭队成员，最终在右上角位置与头目对战，胜利后夺回蓝宝石。返回1号岛将蓝宝石交给神奇宝贝网络中心的锦辉，可解锁地区通讯功能。此阶段需注意队伍中需配备会冲浪术的宝可梦，用于穿越岛屿间水域。在6号岛屿的果实森林中，需使用怪力术推动岩石解开路径障碍，最终在洞穴深处触发未知图腾捕捉事件。
第三阶段涉及7号岛屿的训练塔挑战，该区域需集齐60种以上宝可梦才可进入。训练塔采用车轮战模式，每层训练家使用的宝可梦属性具有特定规律，建议携带多种属性攻击技能应对。完成挑战后可获得提升个体值的道具。在4号岛屿冰洞中需获取秘传机器07登瀑布，用于攀登6号岛屿的瀑布地形，此处会遇到四天王之一的冰系训练家，协助其击败火箭队成员可获得后续岛屿通行权限。
最终阶段需在3号岛屿完成暴走族事件。从岛屿右侧山洞进入后，需在草丛区域遭遇随机出现的传说宝可梦，遭遇率较低需耐心探索。山洞深处需解决暴走族引发的骚乱，击败首领后解救被困研究员。任务结尾需返回红莲岛触发超梦剧情，至此三岛主线任务全部完成。整个流程中建议队伍等级达到65级以上，并携带足够数量的恢复类道具。
任务过程中存在多个隐藏要素，如在2号岛火焰山山洞可捕获火焰鸟，5号岛南部海域使用高级钓竿有几率遇见迷你龙。部分剧情道具如金珠、化石等需在特定场景反复调查获取。迷宫类场景建议提前存档，避免因路线错误导致重复战斗消耗资源。通讯进化类宝可梦建议在解锁地区通讯功能后优先处理，以完善图鉴收录。
